Pelayanan sirkulasi yaitu pelayanan peminjaman dan pengembalian buku sirkulasi (buku teks). Pelayanan sirkulasi diperuntukkan bagi sivitas akademika UGM yang sudah menjadi anggota perpustakaan. Pelayanan sirkulasi memakai sistem terbuka di mana pengunjung dapat memilih sendiri buku yang dipinjam. Pelayanan sirkulasi menggunakan SIPUS Integrasi UGM. Di ruang sirkulasi disediakan komputer untuk penelusuran buku. Anggota perpustakaan dari FMIPA UGM dapat meminjam maksimal 5 buku teks selama 2 mingga dan dapat diperpanjang 1 kali perpanjangan.Untuk mahasiswa dari fakultas lain di UGM dapat meminjam buku teks 1 buku selama 3 hari.