Perpustakaan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Gadjah Mada berdiri pada tahun 1950 di Mangkubumen Yogyakarta dengan nama Perpustakaan Fisika UGM. Tahun 1960 Perpustakaan Fisika tersebut dipindah ke Sekip Unit III Yogyakarta dan diganti namanya menjadi Perpustakaan Fakultas Ilmu Pasti dan Alam Universitas Gadjah Mada (FIPA UGM). Mulai tanggal 28 Desember 1982 nama FIPA UGM diubah menjadi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Gadjah Mada (FMIPA UGM) yang berlaku sampai sekarang.